Za arhiepiskopiju je tada nastalo teško doba. Arhiepiskopa Valama su 1598. posekli Turci u Velesu. U 17. veku Ohrid je poznat u Rusiji kao stolica arhiepiskopa i kao grad srpske zemlje. Onda su i katolici imali u Ohridu nadbiskupa, čija se nadbiskupija računala u Srbiju. Radi turskog i arnautskog pritiska i naseljivanja, a proganjanja hrišćana, pravoslavno stanovništvo bilo je jako spalo. 1664. bilo je u Ohridu svega 142 kuće pravoslavnih.
U 18. veku Ohrid je bio vrlo značajno trgovačko središte na starom putu od Drača i Elbasana za Bitolj i Makedoniju. Hršišćansko stanovništvo, koje je držalo glavnu trgovinu, bilo je veoma bogato i živelo je raskošno, tako da su crkvene vlasti sredinom tog veka zakletvama i kaznama primoravale Ohriđane i njihove žene da ne vode luksuzan život. Krajem 18. veka Ohrid je bio jedno od glavnih mesta bitoljskog vilajeta, vrlo utvrđen grad, živog karavanskog saobraćaja, a imao je do 5.000 stanovnika. Onda je u njemu zagospodarila arbanaška porodica Dželadin-bega. Ona se držala carskog odmetnika Ali-paše Janinskog, a zatim Mustafa-paše Škodranina.
Najzad je energičnim provođenjem reforama u Turskoj uzurpator vlasti Dželadin-beg 1830. prisiljen da bježi. Tada su porušeni raskošni dvorci Dželadin-bega, Gornji Šaraj u tvrđavi. 1835. postao je sedište kajmakama. Tada je u varoši bilo oko 6.000 stanovnika, većinom hrišćana, a malo Arnauta i Turaka. Pored velikog ribarskog trga za suhu i usoljenu ribu, u čaršiji je bilo oko 250 dućana. Sredinom 19 veka Ohrid je, pored ribolova, bio čuven i sa trgovinom i preradi koža. Preko Drača se trgovalo sa Lajpcigom. Bečom i Trstom. Krajem 19. veka imao je 2.409 kuća sa 11.900 stanovnika, od kojih su 5.408 bili muslimani, a ostalo hrišćani. Trgovina je posle opadala zbog arnautske anarhije, a sva se glavna privreda bila svela skoro samo na ribolov. Ohrid je do 1941. godine pripadao Južnoj Srbiji.
